植物组学工具的开发与利用 – 以植物病毒检测工具VirusDetect为例 --仪器信息网3i讲堂

植物组学工具的开发与利用 – 以植物病毒检测工具VirusDetect为例

红薯具有耐旱、耐贫瘠土壤、环境适应性强等特性。又因其含有丰富的碳水化合物、蛋白质等营养物质，使其成为非洲农民的主要作物之一，特别是在撒哈拉以南的非洲地区。然而，病毒成为制约其产量的主要因素，导致红薯减产。为了系统地鉴定红薯中病毒基因组序列，本研究采用sRNA-Seq测序技术，并开发病毒检测软件VirusDetect，用来检测测序结果中的病毒序列。VirusDetect可以去除宿主sRNA并自动优化参数将sRNA序列进行组装。组装的contigs与经过筛选和分类的病毒数据库进行比较，并通过其sRNA片段长度分布，用于鉴定已知和新型病毒。对植物和昆虫sRNA数据数据进行评测，表明VirusDetect在识别已知和新型病毒方面具有很高敏感性和效率。此外，本次交流将介绍本课题组新开发的园艺作物搜索引擎，以及其在基因功能研究上的应用。