一般来说，在进行所需培养程序时，通过最小化配子和胚胎在孵化箱外的时间长度和孵化箱开口数量来优化培养环境。然而，即使是短暂的外部环境暴露也可能导致诸如细菌、霉菌和毒素等危害，从而影响配子生物学、胚胎发育或两者兼而有之。可以通过过滤培养基或空气、在培养基中使用抗生素以及在空气净化系统中进行紫外线光氧化来避免细菌和霉菌。然而，在实验室中暴露于毒素，尤其是VOCs的情况相当普遍，并且被怀疑最早在实验室开始培养时被污染，有可能直到将胚胎植入子宫后才影响胚胎发育。对于其他哺乳动物来说，培养环境可以影响胚胎在培养期间的外观，以及胚胎在培养期之后的表现。