咽拭子/痰液/肺泡灌洗液等中新冠病毒核酸检测检测方案(基因测序仪)

智能文字提取功能测试中

MGI华大智造 新冠病毒网络研研课 FAQMGI 华大智造 Q1：高通量测序为什么能够提高检出率呢? A：对于病毒含量低于 RT-PCR最低检出限，而人源宿主背景较低时，高数据覆盖的宏基因组测序(基本>100M reads) 可以有效提高检测阳性率。面对新冠疫情，理论上标本中病原浓度1copy/mL即可被检测到，用于快速发现新发、突发传染病的病原体。临床在应用时可以使用 RT-PCR 对疑似新冠病毒感染患者进行快速筛查，而宏基因组测序则可以对RT-PCR阴性但仍疑似的病人再次补充复核，同时鉴别诊断包括新型冠状病毒在内的各类冠状病毒和其他呼吸道病原的感染，及提供更多可能的病原信息。 Q2：请问高通量建库方案中，起始RNA 样本投入量是多少呢?采用rRNA去除的方案，一般测序需要多少数据量呢? A：高通量建库方案中，如不去除 rRNA， 起始RNA样本投入量为 20ng.去除rRNA，起始RNA样本投入量为 50ng。 如果采用 rRNA 去除的方案进行宏基因组测序，需要的数据量约为10-20M；如果不去除rRNA， 测序数据量建议在100M以上，检测灵敏度可达到 10copies/ul；如果通过杂交捕获或多重 PCR 进行新冠病毒靶向测序的话，所需的测序数据量约为5M。 Q3：现在 Genapsys 小型测序仪非常火热，可以部署在车站或者人流密集场所。如何看待这一问题?华大智 A：取决于应用场景。目前大部分样本都是集中送到实验室进行标准化检测，MGISEQ-200，MGISEQ-2000 和 DNBSEQ-T7都是适用于实验室的获得资质认证的检测仪器。针对基层分散化的检测需求，华大智造在近期推出了 DNBelab 解决方案， 基于 DNBelab D 开发的全封闭式新冠病毒快检仪可以实现一小时从咽拭子到检测结果输出(搭配新冠病毒 CRISPR快检试剂盒)。新闻链接： https：//mp weixin.qq.com/s/A47qaOxHgNHZQac1nWULkws证 华大智造 Q4：测序读长多长?单端还是双端测序? A：基于宏基因组检测的快速筛查，建议SE50或者SE100；基于靶向富集的测序，建议 SE200华或者 PE100。华大智 Q5： MGISEQ-200， 318Mreads，几个样本? IMG华大智造 A：1个样本。对单个样本进行高深度测序，对其序列进行组装，可用于变异监测。 Gl Q6：作为一个新型病毒，并不知道是 DNA 还是 RNA类型，针对样本测序时，如何进行样本处理和检测? A针对未知病原体，建议同一份样本 DNA和RNA同时检测，避免漏检。 Q7：核酸提取工作站有现货吗?多久能到货? A：有现货，在收到订单后预计2-3个工作日可发货，实际到货时间因物流关系各城市有所不同。详情可咨询当地销售人员。 IMG 飞华大智造 Q8：核酸提取工作站机内消毒采用什么方法?能放入生物安全柜吗?出气口有过滤措施吗? MCI华大智造 A：核酸提取工作站机内通过搭载紫外消毒灯和 ISO5 级的正压层流罩进行消毒。由于仪器本身已设计了消毒功能，故而尺寸较大，无法直接放到常规的生物安全柜中。 华大智造在核酸提取工作站的进风口有设置过滤措施。 Q9：一体化流水仪器跟 PCR实验室分区管理要求是否存在矛盾，如何避免污染问题?A：根据指南，整合型的设备可以不用严格按照分区执行。MGISP-960和MGISP-100整合紫外和正压型层流，能够有效避免气溶胶和交叉污染。通过客F端的实际检验，有很好的避免污染的效果。 品门 Q10：自动化工作站进行核酸提取及文库构建的时间大概需要多久? A：机器进行核酸提取大约1h处理时间(MGISP-960：1h/96样本， 1h20min/192样本)；提取后，机器进行文库构建(从RNA到上机测序前)需要7h (包含rRNA去除)。 Q11：如果只是移液工作站，是没有样本和DNA的，不存在污染。但如果同时处理试剂和样本，一次96个样本的提取，如何做到避免孔间的交叉污染? 华大智造 A：针对本次疫情的样本，建议提取和建库分开设备进行操作，即配备2台MGISP-960。 IGM 华大智造 Q12： MGISP-960 和MGISP-100都可以做提取和建库马?建库涉及PCR 的过程不?A： MGISP-960和 MGISP-100 都可以做建库和提取，且有整合PCR仪器，可做 PCR，但不能做qPCR。 MCI Q13：请问提取工作站可兼容其他试剂盒吗，是移液式还是吸液式? A： 华大智造提取工作站可兼容其他试剂盒(基于磁珠法的提取试剂盒和第三方建库试剂盒)，但建议在正式使用前，先进行验证测试。华大智造的自动化设备是移液式工作站。 Q14： 病毒 DNA/RNA 提取试剂盒是特异针对冠状病毒的还是所有的病毒都适用? A：病毒 DNA/RNA提取试剂盒适用于所有病毒。 限华7 Q15：自动化工作站内部结构是什么样子的呢? A：华大智造自动化工作站内部构造如下图： MGISP-100 官网链接： https：//www.mgitech.cn/Uploads/Temp/file/20200217/5e49f94fc7abc.pdf MGI 华大智造 IGM华大智造 MGISP-960 官网链接： https：//www.mgitech.cn/Uploads/Temp/picture/20191011/5da04ac7358f9.pdf MG1 华大智造 MGI 华大智造 >工作台面 >移液模块：96通道高精度机械臂 >移液模块：移板机械夹爪 24个标准板位：开放的设计，网格化的工作 96通机械臂，定位精准：移动速度快，支持B机械附带移板夹用，供员活移，板的 程，支持温控模块、PCR仪，推落模块、磁力 至96通道高效话的液体 MC 模块的多种烟合，满足定制化需求 智 货大 IMC 华大智造 MGI 华大智造 >PCR仪 >磁力架模块>震荡模块 >高效过滤器：HEPA系统 升降温快速，准确(温度范围4-99℃， 磁场强度高，分高过过程 汉实理自 可放面各种板状耗材，包括6种转模式 精准控制PCR反，连接PCR静后的自动化 动化提取及纯化 100-2000rpm的皮转速度，有效混匀试剂 步理，极大增加自动化连续对长。 柏样本，促进反应。 件和 HEPA系统为工作站内的移液空间提供正压 过滤空气。 IMG 华大智造 MGI华大智造