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【转帖】关于如何使用LocusLink来找自己的基因序列
去年冬天
2011/03/22
私聊
生物制药
随着genome sequence的完成,大家研究的基因序列基本上都已经知道了。如何才能找到自己的基因序列哪? 去NCBI的LocusLink:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/
1.这是个功能非常强大的搜索工具。所有NCBI有的基因基本都连到了LocusLink。特别是你已经知道要找的基因,直接可以用基因的名字来检索。比如找基因“TGFa”,大家可以在上面的窗口直接试。你在Query里输入TGFa,点击"Go",就可以找到所有NCBI里与TGFa有关的基因,包括所有已知的不同种群的homolog都会列出来。在Org一栏显示不同的organism,Hs是人,Mm是老鼠,Rn是大鼠等等。在每个基因名字的后面有一些彩色的小字母,那是代表不同的连接。
P
是Pubmed, 连接着Pubmed里面以这个基因名做主题词检索的所有文献。
O
是OMIM,这是个非常好的连接,总结介绍这个基因的名字及研究历史,对于了解该基因有总括性的作用,强烈推荐去看。
R
是Refseq,是该基因的序列
G
是Genbank,连着该基因的Genbank信息,有关该基因的序列
P
是Protein,连接到该基因的蛋白序列
H
是HomoloGene,连接到该基因的所有homolog
U
是UniGene,解释该基因主要功能相关的分类
V
是Variation,连接到NCBI的DbSNP,可以找到该基因的SNP信息
2.如果你点击你所要的organism的基因的LocusID,可以进入到该基因的具体介绍。里面有该基因的全名,和其他的名字。以及主要的文献。再往下看,可以找到该基因的染色体定位,还有mRNA,Protein,Genbank Source, GenomicDNA序列等等信息。功能非常强大。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/LocusLink/LocRpt.cgi?l=7039
3.LocusLink还可以用疾病做主题词来搜索,比如diabetes。你可以找到几乎NCBI里报道过的与diabetes有关的基因,包括相关的signal pathway以及主要起作用的基因,对于了解diabetes领域的研究有提纲挈领的作用。
希望大家有机会可以试试LocusLink,对于各位的研究会起到不同凡响的作用。几乎要什么有什么啊。会用LocusLink,可以节约你很多文献检索的时间,因为NCBI已经帮你打好了连接,只要你去开个门就行。
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私聊
无机麦地
第1楼
2011/03/31
大家研究的基因序列基本上都已经知道了! 是不是大家的基因序列都知道了啊?呵呵
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