但是我们的电子档签名和手写的不一致, 可以吗? 电子档签名是PDF自动生成的, 完全是正楷字体, 但是每个签字人都有PKI卡密钥,电子签名的保密性是得到保证的, 签完后的文件是无法被篡改的.

请问应该到哪里备案呢?

应该可以用电子签名。只要控制好就行了。