质谱仪种类非常多，工作原理和应用范围也有很大的不同。从应用角度，质谱仪可以分为下面几类：
　　有机质谱仪：由于应用特点不同又分为：
　　① 气相色谱-质谱联用仪（GC-MS）
　　在这类仪器中，由于质谱仪工作原理不同，又有气相色谱-四极质谱仪，气相色谱-飞行时间质谱仪，气相色谱-离子阱质谱仪等。
　　② 液相色谱-质谱联用仪（LC-MS）
　　同样，有液相色谱-四器极质谱仪，液相色谱-离子阱质谱仪，液相色谱-飞行时间质谱仪，以及各种各样的液相色谱-质谱-质谱联用仪。
　　③　其他有机质谱仪，主要有：
　　基质辅助激光解吸飞行时间质谱仪（MALDI-TOFMS），富立叶变换质谱仪（FT-MS）
　　无机质谱仪，包括：
　　① 火花源双聚焦质谱仪。
　　② 感应耦合等离子体质谱仪（ICP-MS）。
　　③ 二次离子质谱仪（SIMS）
　　但以上的分类并不十分严谨。因为有些仪器带有不同附件，具有不同功能。例如，一台气相色谱-双聚焦质谱仪，如果改用快原子轰击电离源，就不再是气相色谱-质谱联用仪，而称为快原子轰击质谱仪（FAB MS）。另外，有的质谱仪既可以和气相色谱相连，又可以和液相色谱相连，因此也不好归于某一类。在以上各类质谱仪中，数量最多，用途最广的是有机质谱仪。
　　除上述分类外，还可以从质谱仪所用的质量分析器的不同，把质谱仪分为双聚焦质谱仪，四极杆质谱仪，飞行时间质谱仪，离子阱质谱仪，傅立叶变换质谱仪等。

前面的分类介绍非常的齐全。我用的是扇形磁分析器，用于气态金属物质同位素丰度的测定。

双聚焦质谱仪。由电场和磁场共同实现质量分离的分析器，同时具有方向聚焦和能量聚焦作用，叫双聚焦质量分析器。双聚焦分析器的优点是分辨率高，缺点是扫描速度慢，操作、调整比较困难,而且仪器造价也比较昂贵。
四极杆质谱仪。由四根带有直流电压（DC）和叠加的射频电压（RF）的准确平行杆构成，相对的一对电极是等电位的，两对电极之间电位相反。当一组质荷比不同的离子进入由DC和RF组成的电场时，只有满足特定条件的离子作稳定振荡通过四极杆，到达监测器而被检测。通过扫描RF场可以获得质谱图。四极杆成本低，价格便宜，虽然目前日常分析的质荷比的范围只能达到3000，但由于分析器内部可容许较高压力，很适合在大气压条件下产生离子的ESI离子化方式，并且，ESI电离最突出特点是产生多电荷，蛋白质和其他生物分子电喷雾电离所产生的电荷分布一般在3000以下，所以四极杆广泛地与ESI联用。另外，三重四极杆由于可以做多级质谱，定量也方便，使用极为广泛。
飞行时间质谱仪。飞行时间质量分析器的特点是质量范围宽，扫描速度快，既不需电场也不需磁场。目前，通过采取激光脉冲电离方式，离子延迟引出技术和离子反射技术，具有很高的灵敏度，已广泛应用于气相色谱-质谱联用仪，液相色谱-质谱联用仪和基质辅助激光解吸飞行时间质谱仪中。
离子阱质谱仪。由一对环形电极（ring electrod）和两个呈双曲面形的端盖电极（end cap electrode）组成。在环形电极上加射频电压或再加直流电压，上下两个端盖电极接地。逐渐增大射频电压的最高值，离子进入不稳定区，由端盖极上的小孔排出。因此，当射频电压的最高值逐渐增高时，质荷比从小到大的离子逐次排除并被记录而获得质谱图。离子阱的特点是结构小巧，质量轻，灵敏度高，而且还有多级质谱功能，对于物质结构的鉴定非常有用。它可以用于GC-MS，也可以用于LC-MS。
傅立叶变换质谱仪。是一种高性能的高分辨质谱仪。亦可直接用FT-MS表示（Fourier-transform mass spectrometry）。它的核心部件是带傅立叶变换程序的计算机和捕获离子的分析室。分析室是一个置于强磁场中的立方体结构。离子被引入分析室后，在强磁场作用下被迫以很小的轨道半径作圆周运动，离子的回旋频率与离子质量成反比，此时不产生可检出信号。如果在立方体的一对面上（发射极）加一快速扫频电压，一对极板施加一个射频电压，当其频率与离子回旋频率相等时则发生满足共振条件时，离子吸收射频能量，运动轨道半径增大，撞到检测器产生可检出信号。这种信号是一种正弦波，振幅与共振离子数目成正比。实际使用中测得的信号是在同一时间内所对应的正弦波信号的叠加。这种信号输入计算机进行快速傅立叶变换，利用频率和质量的已知关系可得到质谱图。傅立叶变换质谱仪集高分辨率、高质量、高准确度、高灵敏度于一身，较好地满足生物医药领域对高性能质谱技术的迫切需求，但仪器也是最复杂、最昂贵的，维护费用也较高。

串联质谱。因早期单个质谱仪基本上都只有准分子离子，没有结构信息，更需要串联质谱法得到结构信息。因此，近年来，串联质谱法发展十分迅速。目前常用的串联技术有以下几种：
四极杆串联。对于目标化合物（已知样品）定量分析，三重串联四极杆质谱是重复性最高，侧重已知常规样品检测应用。混合型串联。能集合两种或多种质谱分析器的优点，得到与傅立叶变换质谱仪非常接近的，在分辨率、准确度、灵敏度等方面更全面、更高的性能，与取得更好的分析效果，尤其是针对对不同的未知样品的扫描分析研究。