这两个不矛盾，应该用在不同领域。

个人觉得应该按照国家标准,标准化法也有规定啊!

第六条 对需要在全国范围内统一的技术要求，应当制定国家标准。国家标准由国务院标准化行政主管部门制定。
对没有国家标准而又需要在全国某个行业范围内统一的技术要求，可以制定行业标准。行业标准由国务院有关行政主管部门制定，并报国务院标准化行政主管部门备案，在公布国家标准之后，该项行业标准即行废止。


同时国务院标准化行政主管部门、国务院计量行政主管部门均为质检总局下属部门，国标委是副部级,计量司是司级,按照部门管理的话也应该执行国标。

学习了 ,

如果是仪器校正还是以JJG标准为主
相对而言更专业

是的，应该按照JJG执行！

JJG是国家计量检定规程,只对某项计量器具有效,同时有强制性.GB/T是推荐性国家标准,不强制使用,同时针对的对象不限定在计量器具范围内了.

对于两者的关系：我认为：
两者对于同一个设备来说是相互关联的：
对于相关仪器设备的GB/T是依据具体的试验标准（方法）对实现检测手段的一个设备保障的要求，可以说是关于一种检测方法中对相关实现检测方法的设备能力的要求；
而JJG应该说对于仪器设备来说是其实施检定/校准，对于其计量特性溯源的依据和方法。
JJG/JJF检定/校准的方法应该来源于GB/T中对仪器设备的控制要求，并在过程中实施有数据值的检定/校准参数的量值溯源，以确保检测能力。
个人愚见，请指教！

多谢youjian000, 环保兄, 小丸子, 当天开会前就收到他们的意见。

多谢各位朋友的帮助!