waters的两台比安捷伦的都多出了前面那个峰吗？如果是的话，可能和仪器有关了。

你试试做一针空白看看有没有峰出现。
看你的描述好像不是样品的关系，应该是管路或仪器的问题了。

据说不同的机器系统，相差是会很大。
不知道系统压力相差多少？可能和管路的粗细有关，倒是不妨增加一些waters的那台机器的流动相中有机相的比例，提高响应并改善峰型。并没有必要追求不同仪器上的出峰时间一致吧？
另，将溶剂改为流动相，或者与流动相相近的溶液，这样溶剂峰会比较小。
不过，以前把安捷伦的液质联用的测定方法转移到用waters的UPLC的液质上去，方法并不需要太大的调整啊，只是修改了一下流动相的比例。

不错，很有可能和自动进样器的原理有关。Agilent是推入式的，Waters是吸入式的，如果采用部分定量环进样的话进样峰差别应该是不小的。楼主可以试试都用满环定量，这样也许结果就差不多了。另外色谱柱是不是一样？这也是不可忽视的原因。