很有可能是检测器的数据线、或者是仪器到数据采集卡的连线接触不良，时间久了，把线拆了重新接一下试试。

请LZ看一下是不是进样针堵住了

点火的情况下，基线有跳动，是从较低水平跳到一个高位并且保持
这样的话应该不是采集器的问题,还是从进样和柱子那里找原因吧.

不知楼主调换的是哪里的信号线？
是从FID检测器连到放大板的呢？还是放大板出来后连到工作站数据采集卡的呢？
如果是前者，当你调换后原来出峰的那个检测器变成不出峰了（注意：此时工作站上的通道也换过来了。也就是说，你需要观察原来不出峰的那个工作站通道）。这样可以肯定是另一路上的放大板坏了。
如果你调换的是后者，（也是需要观察原来不出峰的那个工作站通道）则可能是工作站的这个通道有问题。