流动相都过滤吗？仪器堵塞流动相带来的杂质可能性比较大。

还有就是密封垫的老化。

重头排查吧，应该是那块堵了

愚人之见：
1.流动相不纯，换进口的有机试剂，水用哇哈哈
2.流动相过滤头是否为聚合物的，时间久了要换新的。最好的是玻璃的，其次是不锈钢烧结的，最其次是聚合物的
3.是否配保护柱，换柱芯

这要看你是什么色谱，如果是配置比较低的泵，建议你取出单向阀超声清洗，冲洗手动进样阀，检查管路是否有堵塞。如果是配置较高的液相色谱比如安捷伦的1200、1100，你先更换冲洗阀的滤芯，不行更换其它通道再试（确保换后的通道是好用的），不行更换活塞杆密封垫，如果仍不行就更换入口阀、出口球阀。检查出某通道问题的话一般在比例阀部分，为了所有通道都正常，只能更换比例阀。

样品再干净也应该装保护柱吧？如果流动相有杂质的话，预柱也起到保护柱子的作用啊?

是不是系统有地方堵了，试试 去掉柱子 把整个流路连接起来看看压力变化情况，然后在逐段的排除堵塞