我的仪器和楼主的一样，也是换着用EI和CI源。通常是衬管太脏或柱子污染了。我们通常做复杂生物样本200个样品后就换新的衬管；如果还不行的话就截去连接进样一端的色谱柱；适当降低inlet温度，过高的话可能导致一些物质似烧焦后一样附着在衬管上并且源源不断地污染色谱柱和质谱系统。
顺便问一下楼主在哪个城市？

重新调谐试试，不行就清洗一下几个可能脏的部件。