物理干扰,主要来自输液过程中，由于溶液物理性质的不同，如表面张力，粘度，密度的差异带来提升量不同，从而使浓度相同的两种溶液在光路上的原子数目不一样。当试液粘稠度大，而标准溶液为水溶液时，其影响十分明显。电离干扰也属于物理干扰。碱金属元素，锶和钡的电离能都较小，在火焰中会显著电离成离子。当浓度很低时，电离度大。如果样品中存在有其他易电离物质，测定结果将偏高。几种元素的电离能如下(ev)：
Cs Rb K Na Li Sr Ba
3.894 4.177 4.341 5.139 5.392 5.695 5.212
在试液中加入大量易电离物质，可以抑制电离干扰。需要注意的是加入的试剂必须不含有被测物质。