二个问题需要解决，一是分开，这是柱子的问题，手性化合物普通柱子十分不开的；另一是碎片的鉴定问题，这涉及到分子结构的问题，有些同分异构体碎片非常相似，很难鉴定。

对于大多的同分异构体,因为质谱类似度过高,MS起的作用不大,重要的还是GC的分离效果而已.

有些同分异构体可以分开，有些不容易分开。同分异构体质谱图很相似，不容易区分。只有结合同分异构体的化学性质（沸点之类）才能加以区分。