因为GCMS系统需要在高真空下运行，某些部件也需要温度平衡后才能使用，这样需要一定的时间，不能开机就可以马上做样。有些部件，例如分子涡轮泵等不宜频繁开关，会可能造成损害或影响寿命。也不是不能关机，而是尽量减少关机开机。