我也出现过类似情况，后来解决了。解决办法如下：
1.检查所用气体有没有污染。把空气、氮气、氢气都换新的试试。我用的是自动空气源产生的空气，后来换了里面的活性炭。
2.把玻璃衬管和隔垫换新的。
3.老化柱子。

测大部分样品都没大的问题，换了色谱条件测另一种样基线就不稳的比较严重。不知道和样品还有关系吗？

问一下楼主问题解决了吗？