多谢，我明白了，自己写原子位置了，另外用记事本编辑完另存为.xyz文件后倒入呢，还是直接可以写成.txt文件，刚才试着按图例给出的xyz文件格式写了一下，不能够正常导入，如果正常txt就行的话就省了中间环节。

另外再问下，JEMS可以实现连续渐变厚度高分辨模拟么，只看到可以变欠焦量。

JEMS的帮助里头有的：
你打开软件，到对应功能的模块上，点上面的帮助按钮就有了。

你说的逐渐变厚的也可以，仔细看看帮助文件里头有具体描述的。

Load "EMS" super-cell dialogue



This dialog loads an EMS .cel atoms file and transform it to a jems .txt data file.

Figure 1 Load super-cell dialogue.

Here is a typical ".xyz" file

;ligne 1 :: comment, ligne 2 :: 0 a b c alpha beta gamma, line 3+ :: symbol x y z occ DW abs
0 2.37000000 2.37000000 0.42600000 90.0000000 90.0000000 90.0000000
C 0.32334298 0.05121548 0.66625917
C 0.32334298 0.05121548 0.33374083
C 0.29173644 0.14865905 0.66624988
C 0.29173644 0.14865905 0.33375012
C 0.23151855 0.23153739 0.66626532
C 0.23151855 0.23153739 0.33373468
C 0.14866004 0.29175007 0.66624346
C 0.14866004 0.29175007 0.33375654
C 0.05122671 0.32336660 0.66625814
C 0.05122671 0.32336660 0.33374186
C -0.05122671 0.32336660 0.66625814
C -0.05122671 0.32336660 0.33374186
C -0.14866004 0.29175007 0.66624346
C -0.14866004 0.29175007 0.33375654
C -0.23151855 0.23153739 0.66626532
C -0.23151855 0.23153739 0.33373468
C -0.29173644 0.14865905 0.66624988
C -0.29173644 0.14865905 0.33375012
C -0.32334298 0.05121548 0.66625917
C -0.32334298 0.05121548 0.33374083
C -0.32334298 -0.05121548 0.66625917
C -0.32334298 -0.05121548 0.33374083
C -0.29173644 -0.14865905 0.66624988
C -0.29173644 -0.14865905 0.33375012
C -0.23151855 -0.23153739 0.66626532
C -0.23151855 -0.23153739 0.33373468
C -0.14866004 -0.29175007 0.66624346
C -0.14866004 -0.29175007 0.33375654
C -0.05122671 -0.32336660 0.66625814
C -0.05122671 -0.32336660 0.33374186
C 0.05122671 -0.32336660 0.66625814
C 0.05122671 -0.32336660 0.33374186
C 0.14866004 -0.29175007 0.66624346
C 0.14866004 -0.29175007 0.33375654
C 0.23151855 -0.23153739 0.66626532
C 0.23151855 -0.23153739 0.33373468
C 0.29173644 -0.14865905 0.66624988
C 0.29173644 -0.14865905 0.33375012
C 0.32334298 -0.05121548 0.66625917
C 0.32334298 -0.05121548 0.33374083
C 0.31135355 0.10117283 1.16630383
C 0.31135355 0.10117283 0.83369617
C 0.26486270 0.19245097 1.16629637
C 0.26486270 0.19245097 0.83370363
C 0.19245354 0.26489770 1.16628774
C 0.19245354 0.26489770 0.83371226
C 0.10118741 0.31138568 1.16629131
C 0.10118741 0.31138568 0.83370869
C 0.00000000 0.32735425 1.16629099
C 0.00000000 0.32735425 0.83370901
C -0.10118741 0.31138568 1.16629131
C -0.10118741 0.31138568 0.83370869
C -0.19245354 0.26489770 1.16628774
C -0.19245354 0.26489770 0.83371226
C -0.26486270 0.19245097 1.16629637
C -0.26486270 0.19245097 0.83370363
C -0.31135355 0.10117283 1.16630383
C -0.31135355 0.10117283 0.83369617
C -0.32734401 0.00000000 1.16629163
C -0.32734401 0.00000000 0.83370837
C -0.31135355 -0.10117283 1.16630383
C -0.31135355 -0.10117283 0.83369617
C -0.26486270 -0.19245097 1.16629637
C -0.26486270 -0.19245097 0.83370363
C -0.19245354 -0.26489770 1.16628774
C -0.19245354 -0.26489770 0.83371226
C -0.10118741 -0.31138568 1.16629131
C -0.10118741 -0.31138568 0.83370869
C 0.00000000 -0.32735425 1.16629099
C 0.00000000 -0.32735425 0.83370901
C 0.10118741 -0.31138568 1.16629131
C 0.10118741 -0.31138568 0.83370869
C 0.19245354 -0.26489770 1.16628774
C 0.19245354 -0.26489770 0.83371226
C 0.26486270 -0.19245097 1.16629637
C 0.26486270 -0.19245097 0.83370363
C 0.31135355 -0.10117283 1.16630383
C 0.31135355 -0.10117283 0.83369617
C 0.32734401 0.00000000 1.16629163
C 0.32734401 0.00000000 0.83370837
C 0.05160003 0.02976992 0.00000000
C 0.00000000 0.05957707 0.00000000
C 0.00000000 0.11906152 0.00000000
C 0.05206200 0.14764465 0.00000000
C 0.10184874 0.11890468 0.00000000
C 0.10313270 0.05954308 0.00000000
C 0.15391482 0.02871669 0.00000000
C 0.05160003 -0.02976992 0.00000000
C 0.00000000 -0.05957707 0.00000000
C 0.00000000 -0.11906152 0.00000000
C 0.05206200 -0.14764465 0.00000000
C 0.10184874 -0.11890468 0.00000000
C 0.10313270 -0.05954308 0.00000000
C 0.15391482 -0.02871669 0.00000000
C -0.05160003 0.02976992 0.00000000
C -0.05206200 0.14764465 0.00000000
C -0.10184874 0.11890468 0.00000000
C -0.10313270 0.05954308 0.00000000
C -0.15391482 0.02871669 0.00000000
C -0.05160003 -0.02976992 0.00000000
C -0.05206200 -0.14764465 0.00000000
C -0.10184874 -0.11890468 0.00000000
C -0.10313270 -0.05954308 0.00000000
C -0.15391482 -0.02871669 0.00000000
H 0.05173917 0.19390134 0.00000000
H 0.14207124 0.14175608 0.00000000
H 0.19381643 0.05215465 0.00000000
H 0.05173917 -0.19390134 0.00000000
H 0.14207124 -0.14175608 0.00000000
H 0.19381643 -0.05215465 0.00000000
H -0.05173917 0.19390134 0.00000000
H -0.14207124 0.14175608 0.00000000
H -0.19381643 0.05215465 0.00000000
H -0.05173917 -0.19390134 0.00000000
H -0.14207124 -0.14175608 0.00000000
H -0.19381643 -0.05215465 0.00000000

Remarque:

The comment starts with a ";". The second line contains a sequence number and the lattice parameters (a, b, c, alpha, beta and gamma). The lattice parameters are sperated by one (or more) white space(s) and they are given in nm and degrees. The atom site lines contains the atomic symbol, x, y, z, site occupancy, Debye-Waller and absorption. All the entries are separated by one (or several) white space(s). x, y, z coordinates smaller than 0.0, equal to or larger than 1.0 are translated into [0.0, 1.0[. Site occupancy, Debye-Waller and absorption when not specified are set to 1.0, 0.005 and 0.1 respectively. The space-group is set to P 1.



11/24/03 08:48:04 AM

您上文提到的我已经看过，我再试试吧，有可能我在写文件时哪个格式出了问题，谢谢您的指导。

对了，最后一行不能有空，也就是说，最后一行必须是最后一个原子，否则就会报错哦~哈哈，屡试不爽

啊，啊，啊，居然是这个原因，欲语泪先流！

做个对应的FEM simulation 比较好，算出strain, 位置。再像模拟。

这样才是相对应的simulation. Wien 2K 可优化scattering factor.

有意义的像模拟是很严格的。其他的就是练习练习。

很多组都有自己的成熟的独门秘笈，葵花宝典。

所以，要和编程的打好交道，见面就在酒桌上吹捧他们，然后请他们把自己的想法，算法完美编出来。

让你们老板招一两个编程的，这样会有很大的好处，不会被现有程序束缚。

同意你的观点，但是理想与现实总是有差距的。不过没关系，面包总会有的。

楼上的观点我觉得对于写文章来说确实是独门秘籍，但也不是一两天可以练就的，需要依赖组里头的平台。
另外，能做对应的FEM 模拟的话，就不需要像模拟了，直接跟实验像的strain分析对应不就好了，十几年来acta mater上这类的文章几乎都是这个套路。
对于做材料的人，就电镜照片分析来说，对成像原理理解好，能做点像模拟，对应的解释好材料本身的问题才是关键，从普通电镜（大部分实验室买得起用得起的电镜）的分析来看，做的最多的应该是微观力学的了，能做FEM模拟对应自然是很好，但是FEM也不是一两天就能理解学会并应用的，并且在微观上，对于存在misfit dislocation的系统，FEM几乎就无能为力了。我认为王道还是Molecular Dynamic，几万个原子的单胞算下来也不过几个小时而已。DFT虽好，毕竟计算量摆在那里，1000个原子的super-cell，大型cluster都要算上十来天。
总之，方法上是多种多样的，各有利弊，而且要深入了解应用都不是一下子可以搞定的，博士生毕竟需要毕业，时间有限，能专注一项做好就不错了。再说了，学什么不都是得从随便玩玩开始。
鄙人一点粗线的认识各位见笑见笑。

没办法，我的认识只来源于老师和文献。仅有的一点想像力也被他摧残殆尽。

从一篇十多年前的文献里，还能对照些老套路。为何FEM 后还要像模拟等。。。

平台如何不是决定性的，但相对更好的方法还是有的。