俺觉得如果是系统有污染，在进样之前走空气针或者走别的溶剂，使用同样的方法，应该可以看出来吧。

想问的问题：
这两台GC有差别吗，比如新旧，比如日常使用有什么不同等等

可能的原因：
1 进样口污染
进样口污导致杂质峰增多，或者某一组分峰面积增大或者减小。
进样口污染，导致对样品某个组分的吸附，导致此组分峰面积减小。
进样口的污染包括衬管、分流平板、分流出口等等。
进样口污染，一是更换部件，二是可以高温老化进样口，例如将进样口温度提高50度以上老化，但不要超过隔垫最高温度。

2 色谱柱的污染，产生的现象同于进样口，对于色谱柱可以高温老化，也可以截去近进样口一端20至50cm，甚至更换。

3 FID检测器。拆解检测器，看是否收集极有生锈或者绝缘垫绝缘性能变差，检查喷嘴是否有堵；测量FID各气体流量是否正常。

暂时就想到这么多，总之这种问题原因很多，不简单。

如果是外标这个误差还可以，面积百分比的话稍大些了。