完整的清洗过程应该是：甲醇-水-1N盐酸-水-0.1N氢氧化钠-水-缓冲液

平衡时间受缓冲液成分影响较大，主要影响最后一步平衡的时间。

基线的不稳定未必是你的毛细管没有充分平衡，一般来说初始加电过程中随着电压的增加基线会有一个波动电压稳定后基本不再变化。如果你用的电泳体系比较简陋没有温控装置那么基线的波动很可能是温度变化造成的。

其他可能引起基线波动的因素还有一些，要看具体情况了，比如氘灯使用时间过久等。