如果第一次运行AMDIS，会询问调用GC/MS数据缺省格式是什么，例如HP（Agilent），Finnigan(Thermo), PE, Shimadzu等是18中数据格式。几乎涵盖所有商业GC-MS系统产生的数据文件形式兼容。

以及仪器类型，如四级杆，离子阱等。扫描从高到底或从低到高等。