凝胶色谱也是一台色谱仪器，最关键的还是仪器的稳定性，由于其特殊性，一般都不会有梯度淋洗的。系统的稳定性很重要，保留时间要保持不变。
再就是数据处理功能，其数据处理和液相色谱处理软件还是有差别的。