手拿衬管，会有很严重的问题么？

估计是担心污染。

大的玻璃碎片好取，主要是担心有些小碎屑，可能会阻塞管路或者色谱柱，分流平板拆掉把进样口好好清一下，柱头检查一下，可以割掉一段。