在保证质谱检测器扫描速度足够的情况下，峰形不佳的主要因素在色谱系统。色谱柱、流动相选择、流速、样品溶剂、管线长短（柱后）、管线接头是否存在死体积造成涡流、喷雾针（毛细管）位置是否合适等等都会造成峰形问题。UPLC用专用柱子峰形总会比普通液相来得尖锐。