【讨论】对计算机辅助药物设计感兴趣的，到这里来 [精华]
新药开发已到山穷水尽的地步，新药研究是振兴民族医药事业的关键，寻找和发现NCEJ具有非常重要的意义。计算机辅助药物设计已经是药物发现的有效手段，然而由于种种原因，很多药学工作者对CADD的了解不是很多，我建议设立一个关于CADD的专区供大家交流学习之用。
过两天我将向大家介绍 “***化学空间的任务”。欢迎大家一起来切磋。
我将设立INSIGHT II，COMFA，DOCK等主题，并一一介绍，希望大家能常来看看。
我现在介绍一下我作过的药物设计，请大家指正。大家知道在有先导化合物的情况下我们经常要做QSAR。这其实要解决两个问题。1、我们新设计的化合物的立体结构和取向须与先导化合物一致。2、新设计的化合物的理化参数的优化问题。比如，我现在有一个先导化合物，我在设计新化合物时是这样作的。首先我产生一个虚拟库，用CHEMICALOFFICE 软件解决立体结构和取向的问题，然后我用了BCUT（DVS）解决理化性质的问题。这个做法与HANCH方程和COMFA有异曲同工之妙。这两个软件都可以从网上找到。有找到的先回个贴，我们好好切磋。也请CADD的高手指正！
DCOK是一个分子对接软件，通常用于在已知靶点的情况下，寻找有机小分子配体，你说的DOCK出了某个小分子的靶点的做法是怎样的？当然，如果一个有机小分子在体内有多个靶点，而且，作用于这些靶点时产生的药理作用在临床上有协同或相同活性的话，可以设计多个靶点的抑制剂或激动剂，前提是这多个靶点有一定的同源性，或者在活性部位有相似的立体和化学空间。
配体和受体结合后二者的构象可以改变，通常可以用分子动力学计算软件处理。至于你所说的“类药性”我不是十分了解，那些东西更象唯心主义。
类药性－“drug-like"，即对有开发成药物前途的化合物而言，影响其吸收、分布、消除等的一些参数，如Lipinski的 ‘rule of five’ 等等。用类药性一词可能不是太明白。
如果我们已经知道小分子物质的结构，可以在PDB中寻找具有和这些小分子匹配的表面"洞穴”的蛋白质，可能成为靶点，有人报道过这方面的研究。
计算机辅助药物靶标搜寻在探索中草药有效成分机制方面的应用
陈宇综. Ung Chong Yung.
中国药物化学杂志 2001年03期
CoMFA的主要操作过程及本人关于CoMFA的一点想法
过程
1、应用分子力学和量子化学计算并确定一系列化合物的最低能量的构象；
2、根据药效团或药效图形的推测与判断，确定叠和位点规则，并将训练集的化合物按规则加以重叠；
3、生成三维空间网络，使这些叠合的化合物都包容在这一网格中；
4、应用场契合技术，根据化合物的组成和结构特征以及待考察的作用力场的性质，选择适当的探针，在3中的网格的格点上移动，计算探针在网格上每移动一个步长时与各个化合物的相互作用能量，连同生物活性，建成数据表；
5、由数据表应用PLS方法确定QSAR方程；
6、产生系数等式图，系数图由不同的颜色的曲面构成，可以清楚的表示哪些部位做什么样的改动可以提高生物活性。
其实，我个人认为CoMFA这个软件已经很不错了，但是，他仍然有一个较为明显的漏洞，因为我们知道药物的药效构象在实际上并不是化合物的最低能量的构象，所以以前人们用CoMFA作构效关系时不同的人有不同的看法。我想如果能结合生物信息学的一些知识，在知道受体结构和化学空间的情况下，得到受体和生物配体的结合构象，以生物配体的构象为模板，指导化合物的叠合，那么CoMFA的预测能力可以大幅度提高。以上属我个人观点，请高手指正。
【求助】 关于消旋体的问题
问一个弱弱的问题:消旋体是指左旋和右旋的混合物吗?如果是,二者的比例是否必须一样呢?(旋光度为0?)
请各位大侠指点.
消旋体可以分为内消旋体和外消旋体，你说的左旋体、右旋体等比例混合，旋光为0的是外消旋体，，通常说的消旋体多数情况指的就是外消旋体。从名字可以看出，所谓消旋就是指旋光抵消的混合体，二者比例不一致就不能互相抵消（旋光不为0），所以你的后一个问题当然是比例相同。

对工作有益，多谢

谢谢啦,好好看看

不错,正找呢.谢了.