应用Orbitrap Fusion对TMT标记样本进行MS2 定量方法以及SPS MS3 定量方法的比较

本次实验比较了最新高分辨质谱仪Orbitrap Fusion 使用MS2 定量方法以及SPS MS3 定量方法在定性与定量蛋白质数目以及定量结果之间的差异，在16h 的总检测时间内，MS2 定量方法一共鉴定了3022 个蛋白质，其中有2994 个蛋白质有定量结果，SPS MS3 定量方法一共鉴定到了2788个蛋白质，其中有2612 个蛋白质有定量结果。从结果看，由于MS2 定量方法的扫描速度要略高于SPS MS3 定量模式的扫描速度，因而最终的结果显示前者可以鉴定并定量到更多的蛋白质，但是SPS MS3 定量方法可以鉴定并定量到更多低丰度的蛋白质，此外，由于MS2 定量方法容易受到基质干扰，定量差异偏小，结果不够准确。