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观测各类矿物的形态和微形貌,对某些稳定矿物的表面特征研究(如石英、锆石等),可以追溯矿物的成因、沉积史及沉积相,重塑地质作用过程. 粘土矿物由于颗粒细小,特别是含量很少时,电镜鉴定粘土矿物具有不可替代的优势,另外,还可以观察粘土矿物矿物的转变过程、判断粘土矿物的成因. 在鉴定宝石方面,扫描电镜具有分辨率高、放大倍数大、景深强等优点.
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