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独特的地形地貌特征,使大亚湾形成了湾内海域宽、航道短、淤积少、风浪小、屏闭性好等一系列有利的港口环境,是我国华南地区不可多得的天然深水避风良港。应当地政府的要求,广州海洋地质调查局在大亚湾增加了有关海水水质环境的调查与评价,全面查清了大亚湾的海水水体状况和洁净度。选取了水温、溶解氧等8项无机污染因子与我国海水水质标准比较,均符合第一类海水水质标准,反映了在大亚湾海域,目前海水污染较小,水质较为洁净,适宜海洋生物包括珍稀濒危海洋生物的生存。但不同海域的水质不尽相同,总体上表现为湾口水质优于湾内,尤其是在位于湾内顶部人类活动较多的澳头港和范和港等海域,海水污染有局部加重的现象。全区海底表层沉积物受到轻微污染,总体也是湾内比湾口严重,但污染主要还是来自自然的沉积。由于湾内水动力较弱、海水中含沙量很小,整个海区淤积轻微,呈现出内强外弱,西强东弱的淤积特征。
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