2019-7-17-GC-Orbitrap-MS结合高分辨代谢物数据库在合成生物学非靶向代谢物分析的应用研究

2020/04/17   下载量: 3

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应用领域 生物产业
检测样本 其他
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参考标准 国标

制药、农业以及加工制造业对特种化合物的巨大需求,一直是现代化学工业面临的巨大挑战之一。而现代化学工业需要在日益严格的监管审查情况下,不得不提出环境友好型的生产方法。由合成生物学和科技驱动的生物技术方法被认为是有潜力能够提供必要的持续解决方案。合成生物学的核心是将“设计-构建测试框架1”应用于重新设计的天然生物系统内以实现目的。通过在微生物(例如大肠杆菌2和链霉菌属3)的“生物工厂”中插入和微调遗传信息,组装复杂的酶促途径以实现化学物质的快速和多样化生成。像异丙基β-D-1-硫代吡喃半乳糖苷(IPTG)(Lac启动子)或四环素(Tet启动子)这样的诱导型细菌启动子,通常用于激活基因转录,开启工程化生物合成途径。然而,人们还未完全掌握这些诱导系统与整个细菌代谢组的相互作用,尤其是毒副作用方面的影响。

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该研究获得的数据清楚地显示了由IPTG诱导和随后的蛋白质 产生引起的大肠杆菌细胞的代谢指纹上的显着变化。然而, 重要的是要注意,由于该研究属原理论证,难以确定诱导或 蛋白质产生以及随后的细胞外运输是否导致观察到相关的代 谢变化。 需要更大的二次实验来完全验证和确认生物学发 现。

采用非靶向分析策略鉴定出39种显着代谢差异物,这些 细胞外代谢物在LB培养基组、不同水平的IPTG诱导组、 和相应的对照组之间,显示出统计学上的显着性差异。

通过使用包含保留指数信息的HRAM高分辨代谢组学数据 库简化了代谢物鉴定流程,显着提高了化合物鉴定的可信 度,而化合物鉴定是代谢组学中最关键的步骤之一。

• Compound Discoverer软件和TraceFinder软件简化了数据 查询步骤,验证了定性和定量信息,增加了结果的可信 度。

总之,使用GC-Orbitrap/MS系统以高分辨率模式在全扫描模 式下操作,可以非常可靠地检测和识别代谢物,并且能够区 分不同的生物样品组。

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