在冻干过程结束之后，冻干机需要关机停运，此时也应按照正确的步骤来操作。
1、冻干机的快速充气阀接嘴插入快速充气阀座，同时关“真空泵"电源开关，使空气缓缓进入冷阱。
如需充入惰性气体，则将惰性气体的减压导管连接“充气口"；
2、关闭冻干机的“真空计"、“制冷机"，如长期不用应拔掉电源线；
3、提起有机玻璃罩，将物品取出，保存，冷冻干燥结束；
4、冷阱中的冰化成水后，需将水从快速充气阀口排除，操作与充气相似；
5、清理冻干机冷阱中的水分和杂质，妥善保养设备；
6、多歧管型，应逐个关闭橡胶阀并取下冻干瓶后再重复关机操作。
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