染色质通常被认为是由DNA、组蛋白和非组蛋白组成的复合体。RNA染色质复合体的成分被认为是由mRNA或传统的snRNA组成,它在转录过程中短暂地与染色质相关联。然而,越来越多的证据表明各种类型的非编码RNA(例如:长链非编码RNA,增强子RNA,甚至miRNA)与染色质结合并可能通过序列特异性杂交和/或通过结构和空间机制来实现调节功能。为了更好地描述这些调控机制,需要一种方法来识别和描述RNA分子(包括编码和非编码)、蛋白质和DNA之间的相互作用。
Magna ChIRPTM(点击下载说明书)是由Millipore(默克-密理博)推出的用于研究和lncRNA(长链非编码RNA)相互作用的染色质DNA序列及蛋白的商品化试剂盒。它的全称是Magna ChIRPTM。这个试剂盒采用了独特的方法,可以发现染色质关联RNA(如lncRNA)与基因组DNA序列的结合位点,也可用于lncRNA调节复合体的蛋白质组分进行蛋白组学分析。
染色质或染色质RNA复合体的研究离不开超声波剪切仪。Millipore(默克-密理博)在ChIRPTM使用手册里推荐用Qsonica的Q800R3染色质/DNA剪切超声波破碎仪来完成染色质的修剪。
Kit 说明书内页截图:
Magna ChIRPTM基本原理如下图:
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