方案摘要
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摘要: Vogelstein和Kinzler(美国国家科学院院刊,1999年)第一次描述了Digital PCR(dPCR)的概念,一种在微量细胞群中(如原发性肿瘤组织)鉴定突变的方法。通过稀释样品DNA到一个单个分子水平,它可以把PCR自然模拟指数转化为数字信号。当PCR成功的扩增出这些单个分子,产物可以通过对观察到的预期的体细胞纯合突变峰进行测序分析,而不是典型测序反应中的被遮盖在背景杂峰中的少量低峰。通过扩增足够多的单个分子的扩增产物, 基于观察到的突变体与全部的成功扩增产物的比,微量突变体可以被鉴定出。 方法: 我们采用一种加入HRM使用的改良dPCR方法,通过特殊的HRM曲线图在原发性肿瘤样本中发现低含量的突变部分。 数字PCR要求以单个DNA分子作为扩增模板,从而使末端检测变为数字读出而不是模拟的DNA混合物。为了应用HRM,需要获得更多的扩增产物,来得到更加可靠的HRM曲线图组,因此我们选择了五不同的稀释浓度。 这些稀释样本是基于后续的灵敏度接近于20%的测序手段去检测微量突变体. HRM表现出高敏感性,下至2-5%的突变体都可被检出。因此,一个单一突变基因的复制足以在溶解曲线图中发现他们的差异.
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