包括Feng Zhang在内的研究人员已经证实，一种细菌蛋白确实能被用作替代编辑方法；该蛋白被假设是一个可用于RNA靶向编辑的工具，就像CRISPR-Cas9以DNA作为编辑标靶的方式。这一发现对一系列的生物学应用都具重要意义，这些应用包括RNA的标记、修饰和调节。所有种类的细菌中大约有一半会利用一种被称作“规律间隔成簇短回文重复序列及CRISPR相关基因（CRISPR-Cas）”的免疫系统，该系统能保护微生物免于受到病毒和其它入侵DNA的侵害。” 虽然近年的许多注意力聚焦于利用CRISPR-Cas来编辑DNA的能力，但特异性的针对RNA的系统则研究得较少。Feng Zhang和同事在此根据先前的研究怀疑某单一效应蛋白——来自细菌Leptotrichia shahii的C2c2可能是以RNA为标靶的候选蛋白，这一怀疑得到了证实。通过一系列的实验中，研究人员证明C2c2可被用来切断单股RNA，但双股RNA则不行；还有，它可在体内被用来敲出细菌的信使RNA。在测试C2c2在大肠杆菌中将特定DNA作为标靶的能力时，该团队发现，这一效应器最初聚焦于它的标靶RNA，随后发生的则是第二阶段的RNA非特异性降解。作者说，有可能存在其它的RNA靶向免疫系统，进一步的研究将导致用于体内RNA操纵的可编程分子工具的研发。作者们说，RNA操纵的一个例子包括用效应器分子来调节RNA的功能和翻译（它可被用于大规模筛检），构建合成的调控回路及用于其它目的。
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