在正常组织中是会驻扎一种叫Tissue-resident memory CD8+ T (TRM)的T细胞,它对于感染损伤部位快速启动免疫保护反应至关重要。组织停留(Tissue-residency)特性能帮助实体瘤CAR-T锚定在肿瘤部位,细胞的一切行为都有其分子基础,因此必然存在某种蛋白对于组织停留功能起着关键的作用!此次整理分享的是调控TRM细胞组织停留特性很关键的转录因子Runx3。
科研工作者发存在TRM这一细胞群体,但对于调控它组织停留的机制并不清楚,因此使用测序这种“大数据”技术(RNA-seq和ATAC-seq)比对抗原刺激后循环T细胞(外周血和脾脏)与组织停留T细胞(小肠上皮IEL、肾脏kid)的基因表达差异。
循环T细胞与组织停留TRM细胞有着截然不同的基因表达模式
循环T细胞与组织停留TRM细胞在染色质可接近性上也不同:对于TRM细胞的促进循环的基因S1pr1和Klf2 DNA没有“开放”
上面发现两类细胞的基因表达模式不同,基因表达由转录因子调控,两种细胞必然有着不同的转录调节模式,文章作者设计了筛选平台来找出相关转录因子。
RNA-seq + ATAC-seq + PageRank大数据方法结合RNAi技术搭建的筛选平台
筛选出的因子有旧(Nr4a1, Blimp, Klf2 and T-bet)有新(Nr4a3 and Runx3):先前有过关于Runx3参与T细胞功能调节的报道,此次筛选又发现了Runx3可能参与TRM的组织停留调节,所以进一步设计了实验验证Runx3的作用
把Runx3沉默之后,小肠上皮(IEL)TRM停留marker CD69和CD103表达受到抑制
将Runx3沉默细胞与对照细胞1:1混合注射给小鼠,抗原刺激后检测两种细胞分化成TRM的比例:Runnx3沉默细胞在IEL分化为TRM显著降低,说明Runx3对于TRM分化至关重要
重复上面实验,但改变沉默Runx3的时间点发现无论提前或延后沉默,Runx3沉默细胞都向TRM的分化都显著受到抑制,说明Runx3除了对于TRM的分化很关键,对于维持TRM的稳态也很重要
其他组织上重复实验,发现Runx3对于肾脏、皮肤、肺组织的TRM细胞停留也很关键,暗示Runx3对于TRM细胞组织停留特性的调控不受组织类型限制
上面发现了Runx3在“空间”角度对于TRM细胞的调控作用,看它对T细胞功能的影响:影响颗粒酶和细胞因子的生成
上面发现了Runx3在“空间”角度对于TRM细胞的调控作用,看它对T细胞功能的影响:能帮助T细胞抵抗凋亡
上面发现了Runx3在“空间”角度对于TRM细胞的调控作用,看它对T细胞功能的影响:不影响T细胞的“运动”和增殖
过表达Runx3促进TRM分化-看细胞表型
过表达Runx3促进调控组织停留相关基因表达,抑制循环相关基因表达-看Runx3下游
上面证明了Runx3对于TRM细胞的关键作用,肿瘤浸润淋巴细胞TIL在空间角度的行为与组织停留记忆细胞TRM相近,那么Runx3是否能调控TIL呢?
TIL的基因表达模式与TRM类似
沉默Runx3会降低淋巴细胞对肿瘤组织的浸润,过表达则会促进对肿瘤组织的浸润
沉默或过表达Runx3对T细胞功能的影响:exhaustion、颗粒酶、细胞因子
沉默或过表达Runx3在体内水平上对于肿瘤免疫疗法的影响:沉默抑制、过表达促进
所有实验设计、验证均是在小鼠模型上进行的,对人体是否存在意义呢?小鼠黑色素瘤TIL和人的黑色瘤TIL基因表达模式类似!
假想一下文章作者开始做这部分工作是的情形:1、CAR-T的效果很好,但针对实体瘤存在问题,如果让CAR-T老老实实的待在肿瘤部位会不会提高疗效?2、存在TRM这种细胞,细胞的一起行为都有其分子基础,是什么机制让TRM成为TRM的?之后就是搭建技术平台进行筛选,而后验证了。
测序搭配RNAi的技术平台(生物信息学技术从测序大数据中抓取信息点,RNAi技术实际的去验证所抓取到的信息点)使文章作者在大海里捞到了针;分子生物学、细胞生物学方法再次去验证;TRM过渡到TIL一方面为研究成果转化(CAR-T)提供理论基础,另一方面为小鼠到人类,扩大研究意义做了铺垫!
JJ Milner, C Toma, B Yu, K Zhang, K Omilusik , et al. Runx3 programs CD8+ T cell residency in non-lymphoid tissues and tumours.[J]. Nature, 2017, Dec 14 ;552(7684).
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