资料摘要
资料下载基于图像的表型分析方法，如广泛使用的 Cell Painting分析，使用高内涵成像和多参数输出来研究细胞中的生物、遗传和化学扰动。这种日益流行的方法正被应用于从药物发现项目到基因组筛选研究。在标准的 Cell Painting 实验中，各种细胞器和结构 ( 细胞核、细胞质、线粒体、高尔基体、内质网、细胞骨架、胞质 RNA 和核仁 ) 在 5 个成像通道中被采集。这种广泛的细胞染色能够以单细胞分辨率对多种形态的扰动进行监测和定量。已发表的 Cell Painting 分析的局限性包括适合的染料可用性狭窄以及成像系统提供足够的光谱分离能力。具体来说，高尔基体和肌动蛋白是通过同一通道成像的，这就给图像分析中区分这两个结构带来了挑战。这 种限制可能会干扰 hit 的选择或掩盖某些化合物的效果，特别是那些具有影响高尔基体 ( 生物合成途径 ) 或细胞骨架网络的作用机制 (MOA) 的化合物。
文献贡献者
高灵敏度、高性价比单细胞 RNA 测序
简介：单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 是一种用于对复杂细胞和组织样本中的基因表达进行无偏差表征的技术。尽管 scRNA-seq 彻底改变了现代生物学，但在技术上仍然具有挑战性，并且通常成本高昂。目前市场上的解决方案能够在拥有数万个细胞的初始池时对一小部分细胞进行有 效分析。然而，处理稀有细胞群的 scRNA-seq 文库制备的简化方案仍然缺失。 在这里，我们开发了一种新型孔板检测法，用于性价比高且高度 敏 感的 scRNA-seq。该工作流 程 支 持 来自稀有细胞群的稀有样本文库制备。在此新工作流程中 ( 图 1 )，我 们 使 用 了 DispenCell 和 专用 检 测 吸 头 ( SEED Biosciences，瑞士 )，与专用和优化的单细胞文库制备系统 ( MERCURIUS 高灵敏度 BRB-seq 试剂盒，Alithea Genomics，瑞士 )。
3D 成像表征生物打印的卵巢癌模型
简介：3D 生物打印被定义为细胞和生物相容性材料功能性 3D 结构或人工组织模型。1 这项技术彻底改变了组织工程领域，使得创建复杂的预定义设计的结构成为可能，同时确保可重复性。几种基于 3D 生物打印的方法已报告用于工程化各种组织，如软骨、2 骨、3 以及皮肤再生。4 该技术也被用于创造新的临床前肿瘤模型。事实上，作为 2D 细胞培养模型由于缺乏预测性而受到越来越多的质疑， 3D 生物打印已成为一种替代方法通过处理不同的细胞和细胞外基质衍生分子，肿瘤微环境的建模 / 展示 (TME) 来规避这个问题。许多基于 3D 生物打印的肿瘤模型包括肺癌、5 乳腺癌和 6 胶质母细胞瘤。7 这些模型在设计方面表现出优势，与其他策略相比具有灵活性和可重复性如 细胞球和类器官。 卵巢癌是一个重大的公共卫生问题，3D 生物打印仍作为 卵巢癌模型仍在研究中。在此类肿瘤类型中，显示癌症相关成纤维细胞 (CAF) 与癌细胞发生密切相互作用，在癌症侵袭和耐药中发挥主要作用。8，9 因此 CAFs 是设计卵巢癌模型的关键。
基于细胞绘画法的高内涵表型分析
简介：高内涵表型分析越来越广泛应用于许多的研究领域，包括基因功能研究、药物研发和毒理学。这种方法的优点是非常客观的从单细水平获取多维的信息，能够对单个细胞的状态进行分析和描述，并与总体分析数据进行比较。而许多传统的表型分析则是在要研究的通路中，只主观选取少数几个重要的指标来分析 。 因此，在传统的表型分析中，大多数因实验处理导致的生物相关的变化容易被忽略掉。 一个细胞的表型分析是由成千上万个表征细胞状态的可量化指标组成的。这些指标包含从生物标识物表达、结构和分布抽提出来的信息。通常，这些标记是细胞器特异性识别的，并提供有关其结构、空间上与其他亚细胞结构的关系的信息。这些细胞的分类信息能够在研究化合物、小分子物质或基因扰动时提供客户有效的分析依据。具有相似作用机制的化合物 (MOA) 常常导致相似的细胞形态变化。因此，表型谱之间的比较可以为新化合物的 MOA 提供依据 。同样地，同一途径中的遗传干扰常常导致相似的表型谱，这说明表型谱可用于高通量功能基因组学研究 。
自动化细胞成像分析技术评估 CFP 标记核蛋白的转导效率
简介：自 20 世纪 60 年代发现绿色荧光蛋白以来，各种荧光蛋白(FP) 及其变体已被开发出来，跨越整个可见光谱。这些基因编码的荧光蛋白在细胞生物学领域引发了一场革命。蓝绿色荧光蛋白 (CFP) 因其在 FRET 等多色领域的应用而受到广泛关注。这是因为 CFP 的激发和发射光的波长范围很少使用，反而使得它成为各种荧光基团的多路复用的理想化选择。 荧光蛋白技术和自动显微镜技术的发展使研究人员能够更深入地研究活细胞中的基因功能和动态过程。荧光蛋白常被用作融合到感兴趣基因上的报告基因。一旦 FP 标记的基因产物被细胞成功表达，就可以对其进行成像，以研究蛋白质、细胞器和细胞间隔的功能并跟踪其定位。
多参数 THP-1 细胞分化及细胞因子分泌表型分析试验评价抗炎化合物
简介：巨噬细胞起源于血液中的单核细胞，这些单核细胞离开血液循环，分化成不同的组织。巨噬细胞参与细菌和受损细胞的检测和吞噬。此外，巨噬细胞通过释放细胞因子引发炎症，细胞因子激活血管细胞，促进细胞因子粘附血管并迁移到组织中。分化的 THP-1 细胞已被广泛用于体外巨噬细胞模型研究巨噬细胞参与炎症反应。人单核细胞系 THP-1 可以通过佛波醇 12-十四酸酯 13-乙酸酯 (PMA) 分化成巨噬细胞，并通过 LPS 活化。活化的 THP-1 细胞改变形态，分泌炎性细胞因子。监测细胞因子的表达水平是炎症细胞模型的重要生理指 标。我们提出了多参数细胞分析的结果，使用表型成像考察巨噬细胞形成和低体积ELISA 分析细胞因子的分泌，以评估药理学化合物对炎症反应的影响。PMA 和 LPS刺激 THP-1 细胞 48 小时。PMA 和 LPS 激活 THP-1 细胞后，IL-8、IL-1b 和 TNF-a升高。为了评估抗炎化合物，细胞在激活前分别接受激酶抑制剂 SB202190 和 PDTC以及抗生素莫西沙星的处理。然后，通过定量细胞因子分泌量来测定这些抗炎化合物对炎症反应的抑制作用。利用表型成像观察了巨噬细胞形成的影响。与报道的作用机制一致，化合物 SB202190、PDTC 和莫西沙星的细胞因子表达呈浓度依赖性下降。
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