大规模表达序列标签(EST)测定及分析

2016-05-16 07:13  下载量:1

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世纪80年代,对cDNA序列进行大规模测序的想法就曾提出,但对此一直存在争论,有人认为这种方法能发现成千上万的新基因;而反对者则认为cDNA序列缺少重要的基因调控区域的信息。90年代初Graig Venter 提出了EST的概念,并测定了609条人脑组织的EST,宣布了cDNA大规模测序的时代的开始 (Adams et al., 1991)。 大规模表达序列标签(EST)测定及分析 ● 93年前ESTs数据收录于genBank, EBI和DDBJ。 ● 1993年ncbi(National Center of Biotechnology Information)建立了一个专门的EST数据库dbEST来保存和收集所有的EST数据。 什么是 ESTs ? ESTs(Expressed Sequence tags )是从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆,从5’末端或3’末端对插入的cdna片段进行一轮单向自动测序,所获得的约60500bp的一段cDNA序列。 大规模表达序列标签(EST)测定及分析 ESTs与基因识别 ESTs已经被广泛的应用于基因识别,因为ESTs的数目比GenBank 中其它的核苷酸序列多,研究人员更容易在EST库中搜寻到新的基因(Boguski et al., 1994). ● 在同一物种中搜寻基因家族的新成员(paralogs)。 ● 在不同物种间搜寻功能相同的基因(orthologs)。 ● 已知基因的不同剪切模式的搜寻。【注:不过很难确定一个新的序列是由于交替剪切产生的或是由于cDNA文库中污染了基因组DNA序列(Wolfsberg et al., 1997)】

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