背景:microrna长度在18-30bp之间,illumina测序接头长度约为126bp,因此需要将构建的文库中144-156bp回收,并达到上机测序要求浓度200pg/ul。
实验内容:使用total rna样本构建的micro rna文库在pippin ht仪器上进行测试。
目的:将回收范围控制在140-160bp,去除空接头126bp,以及较大片段188 bp。
结果如下:
上样量20ul,回收纯化后体积为10ul。
图1. total rna构建的microrna文库(回收前)
图2. total rna回收后文库
总结:
使用pippin ht target 145的模式能够回收到的主峰大小在151bp左右,这是microrna文库比较理想的主峰,相应回收得率高于50%。相比繁琐的手工page切胶,pippin ht 只需要38分钟即可完成microrna文库的精确回收,整个过程仪器全自动操作,避免了人为经验的误差和不稳定性。
nebsmall rna 建库试剂盒中有推荐使用sage science 的仪器
nebnext multiplex small rna library prep setfor illumina
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