文献速递:Pippin HT系列全自动DNA片段回收仪联用Illumina测序平台,用于乳腺癌ctDNA的检测方法研究
Comparison of tumor‐informed and tumor‐naïve sequencing assays for ctDNA detection in breast cancer【EMBO Molecular Medicine】
乳腺癌ctDNA的知情和不知情测序分析比较
期刊:EMBO Molecular Medicine(IF: 11.1)
发表年份:2023
物种:人乳腺癌患者血浆样本中ctDNA(ctDNA in plasma samples from breast cancer patients)
文库类型:185 - 280 bp ctDNA(ctDNA)
ctDNA文库富集和精准回收:Sage Science公司Pippin HT系列全自动 DNA片段回收仪
ctDNA测序:Illumina NovaSeq 6000二代测序仪
通过分析循环肿瘤DNA (ctDNA)来监测癌症动态和检测微小残留疾病,已成为肿瘤研究及筛查的主要技术手段之一。而关于ctDNA多种分析方法间的比较却较少谈及。本文中,作者使用乳腺癌患者血浆样本,应用肿瘤知情和肿瘤不知情分析法,比较了多重PCR、杂交捕获和不同深度的全基因组测序方法对ctDNA检测的差异,如分析样本结构变异(SVs)、单核苷酸变异(SNV)和/或体细胞拷贝数畸变(SCNAs)的差异。
结果表明,当使用不同的检测方法分析相同的患者样本时,动态ctDNA和等位基因分数 (AF) 高度一致。其中肿瘤知情分析在低浓度下检测ctDNA的灵敏度最高;靶向 1,347 至 7,491 个肿瘤鉴定突变的深度混合捕获测序是最灵敏的检测方法,可检测低至 0.00024%(百万分之 2.4,ppm)的 AF 的 ctDNA。靶向每位患者 21-47 个肿瘤鉴定的 SV 的多重 PCR 可检测到低至 0.00047% AF (4.7 ppm) 的 ctDNA,具有作为临床检测的潜力。
在ctDNA测序文库构建步骤中,使用PippinHT系列全自动DNA片段回收仪回收185 – 280bp的DNA片段,最大程度上保留来自肿瘤源的ctDNA,灵活、高效去除接头二聚体,从而获得高质量的ctDNA测序数据。
原文
Santonja, Angela, et al. "Comparison of tumor‐informed and tumor‐naïve sequencing assays for ctDNA detection in breast cancer." EMBO molecular medicine (2023): e16505.
Sage Science是全球领先的研发制造Pippin系列全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家,拥有美国技术专利,各个型号产品可以高效完成不同长度范围的DNA片段的精准回收,广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。
2023年Sage Science全新推出最新Pippin24全自动核酸电泳回收分析系统,该系列在保留PippinHT高速高通量的特点之上,配置选择上更加灵活,既可以为短片段回收的用户提供更具性价比的产品,也可以通过模块配置升级实现片段筛选回收、电泳图谱分析、核酸浓度测定等更多更全面的功能。
环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商,自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内,一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收仪的安装测试、应用培训,技术支持与售后维护工作,赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。
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