“下呼吸道疾病包括肺炎、气管炎、支气管炎等，感染的微生物包括细菌、结核、真菌、病毒、及非典型性病原体（支原体和衣原体等）”，北京协和医院检验科肖盟博士指出。但是，不同菌种致病在患者身上的症状常常大同小异，临床常规主要采用听诊、问诊、试诊方法辅助，根本无法对患者所感染的病原菌做出准确鉴定。在病因不明确的情况下，对那些病情严重的患者，往往经验性的先采用抗生素进行治疗，在使用高级抗生素方面存在较大的盲目性，有时候患者吃药四五天不见好转。
而传统病原学检测方法又存在一定的局限性，比如血清学检测容易存在交叉反应，再次感染或免疫抑制状态时检测会出现假阴性；而血培养检测所需要的培养时间长，加上抗生素的滥用，我国血培养的检测成功率基本为0；而细菌培养法往往周期长导致初诊时不能准确判断哪种细菌感染，无法对症治疗。
准确早期诊断致病菌是治愈病人的关键。北京大学人民医院呼吸内科主任高占成指出，由于肺炎感染者们对病原反应的不同，比如小孩、老人和青壮年患者对病原的反应存在个体上的差异，这就要求要对病原进行精准鉴定，以便临床上做出精准决策，判断哪些药物适用于某个个体。
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