目前农药残留检测方法和仪器种类繁多，以下是常见农药残留检测方法原理：
免疫分析法：
免疫分析法（IA）以抗体作为生物化学检测器对化合物、酶或蛋白质等物质进行定性和定量检测。免疫技术是 90 年代优先研究开发和利用的农药残留分离技术，这是一种基于抗原抗体特异性识别和结合性反应为基础的分析方法。它在测定的高度灵敏度和抗性物质的痕量检测方面取得了很大的成就。
通过对抗原或抗体进行标记（酶、荧光物质、放射性同位素标记等），利用标记物的生物或物理或化学放大作用，与现代测试技术相结合，对样品中特定的农药残留物进行定性定量检测。如酶联免疫法，该技术在国外已经商品化。它快速简便，仅需要很少的仪器设备和专业培训，主要用于初筛、测定致癌物和一些剧毒农药，对污染事故的污染物检测具有十分重要的意义。
酶抑制法：
酶抑制法是一种可对部分农药进行快速残留检测的技术，其适用于有机磷与氨基甲酸酯类农药。它利用这类农药可特异性地抑制昆虫中枢和周围神经系统仲乙酰胆碱酯酶的活性，破坏其神经的正常传导，从而使昆虫中毒致死。将乙酰胆碱酯酶与样品反应，根据乙酰胆碱酯酶活性受到抑制的情况，可判断出样品中是否含有有机磷与氨基甲酸酯类农药。
深圳市芬析仪器制造有限公司生产的农药残留检测仪是根据农业标准方法（NY/T 448-2001）和国标（GB/T5009.199-2003）中的酶抑制率法，严格遵循《GB/T5009.199-2003蔬菜中有机磷和氨基甲酸酯类农药残留快速检测方法标准》中的规定对蔬菜中有机磷和氨基甲酸酯类农药残留的快速检测。可广泛应用于各级政府蔬菜检测中心、农贸市场、超市、环保机构、蔬菜种植基地、饭店、车载及实验室等食品安全检测与监控场所等单位对果蔬中农药残留的检测。
生物传感器技术
生物传感器是利用生物活性物质（如酶、抗原、抗体、细胞、组织等）作为传感器的识别元件，与样品中的待测物质发生特异性反应（如发光、发热、颜色变化、形成复合物等），利用转换器检测到这些变化并将其转化为电信号，再通过检测装置的分析处理，即可对待测物质进行定性和定量检测。
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