2021《时代周刊》年度最具影响力100家企业
解码新冠病毒
作者:ALICE PARK
在过去一年中,因美纳销售、技术支持、服务团队通力合作,凭借过硬的技术实力、专业敬业的服务精神助力客户抗击新冠疫情,以创新、多元的解决方案赋能客户,创造更多价值。
新冠疫情爆发之初,身处美国加州总部的因美纳全球总裁兼首席执行官 Francis deSouza便通过中国团队了解到,传染病领域可能将有情况发生。中国武汉的卫生部门发现了多起不明原因的肺炎疑似病例,并着手开始对病毒样本进行基因测序,以弄清他们正面对着什么。在这种情况下,他们希望通过基因信息来了解导致不明肺炎的罪魁祸首——究竟是已知的病原体,还是完全未知的病毒。
中国的张永振教授是一位经验丰富的病毒学家,他的实验室中配备有因美纳基因测序仪,可快速且准确地完成基因组测序。北京时间2020年1月11日,张教授的团队搞清楚了藏匿在新冠肺炎背后的“真凶”后,将新冠病毒的整个基因组序列,发布在公共基因数据库中,以便全世界的研究者都能利用这些数据来研发新药和疫苗。
从出现第一批病例到公布新冠病毒SARS-CoV-2的基因组序列仅用了大约两个月时间,这一速度在科学界都可谓是快如闪电(人类基因组测序花了13年才完成;首个人类基因组图谱直至2001年才公布)。利用新冠病毒的基因序列,总部位于美国马萨诸塞州的生物科技公司Moderna,他们的研究人员也凭借因美纳的测序仪,仅用了25天就研制出病毒疫苗,打破了疫苗研制记录,并在63天后便开始进行人体试验,在速度方面再次刷新纪录。德国的BioNTech紧随其后,在与美国制药公司辉瑞合作后,他们成为美国第一家获得授权开始为民众接种疫苗的公司,此时距张教授公布病毒基因组序列还不到一年时间。
deSouza表示,在基因测序的推动下,这样的速度应该成为一种常态,而不是特例。新冠疫情提供了一个舞台,让基因测序能够展示其在帮助人类攻克新冠肺炎等传染病以及癌症等其他疾病的过程中发挥的作用。
deSouza说到:“基因组学和基因组流行病学俨然成为对抗此次疫情的有力工具。这场疫情让我们真切地认识到21世纪是一个属于生命科学的时代,也是一个属于基因组学的时代。如今,基因组学在公共卫生系统中得到了广泛应用,其在应对传染性疾病方面的作用发生了根本性的改变。我想,这只会变得越来越好。”因美纳的诞生可以追溯到20世纪90年代末发起的基因革命,当时正值2001年科学家们公布人类基因组第一张草图的前夕。因美纳成立于1998年(与Solexa一样),由剑桥大学的科学家们创立,旨在探索基因组学的前景及其各种用途。公司利用最初代的基因测序仪直到2006年才以15万美元的成本首次推出了商用基因组图谱。在接下来的几十年里,工程师们改进了分解和读取基因片段的化学反应,使测序仪能够更快地提供更深入、更准确的读数。
而现在,使用因美纳测序仪,仅需花费600美元,便能在约1小时内完成人类基因组测序和规模更大的基因组测序。deSouza说:“我们已经宣布相关计划,打算在不远的将来将基因测序成本降至100美元。”deSouza于2016年从软件安全公司赛门铁克离职后加入因美纳,成为公司掌门人。“我们要普及测序技术,让每个人都能进行测序,这有助于实现基因组学改善人类健康的承诺,这对我们而言意义非凡。”
目前,任何专攻基因测序工作的实验室(无论是科研实验室,还是商业或药物实验室)可能都配备了至少一台因美纳测序仪。例如,癌症研究人员越来越依赖测序来发现肿瘤细胞的遗传弱点,这样一来,他们就能针对这些弱点研发具有针对性的药物。因美纳测序仪的应用范围还扩展到了传染性疾病研究领域。在公共基因数据库GISAID发布的全球新冠病毒样本基因组中,约有70%是使用因美纳测序仪获得的。
然而,在公共卫生方面,基因测序在美国并没有成为应对疾病的一种常规方法,大部分州立公共卫生实验室尚不具备进行大范围基因测序的能力。如果爆发疾病,他们通常会将样本送至疾控中心,或者在时间允许的情况下与当地大学的实验室合作,对少数样本进行测序。
新冠疫情正在改变这一现状。过去一年来,随着病毒遗传密码的破译,科研人员获得了关于新冠病毒的信息,他们进行了大量病毒检测试验和抗病毒药物试验,以及对抗新冠病毒的疫苗试验。同时,遗传密码成为了探索病毒突变的基础,科研人员可以利用它来了解病毒如何通过突变来增强传播性和致病性,这一点变得愈发重要。
此外,基因信息可帮助人类及时应对疫情,其价值无法估量。为了了解新冠病毒从何时开始在美国传播以及病毒的影响范围,2020年3月,来自西雅图哈金森癌症研究中心计算生物学家Trevor Bedford将采集到的样本用于西雅图地区的一项流感研究,对样本进行测序,寻找新冠病毒。不出所料,他发现,至少在1月21日美国第一例患者确诊前六周,病毒就已经在这一地区传播了。
这证明,对于公共卫生官员来说,基因信息可帮助他们做出有效的疫情防控决策,这一技术至关重要。例如,若在某个特定社区流行的病毒的序列与其他社区的病毒存在细微差别,就说明,进入这一地区的感染源不同,因此,限制人口流入该地区会对控制疫情爆发有所帮助。从另一方面来看,若大部分病例具有相似的基因特征,这在很大程度上表明,病毒已经在社区范围内传播了,其他公共卫生措施(如封锁、戴口罩和保持社交距离)可能更有效。
这正是人们希望看到的结果。但是,倘若无法在较大范围内进行测序,决策者就无法实时了解通过测序仪获取的基因信息。为解决相关问题,四月,美国政府投入了17亿美元用于扩大基因测序范围,检测传染性疾病以及构建储存和分析基因信息的系统。
然而,世界上还有许多国家和地区还没有足够的资源来购买测序仪。deSouza表示:“我们需要开展全球性合作,共同应对各项挑战。”他表示,首先需要构建一个能扫描和分享病原体相关信息的全球网络。2020年,因美纳向非洲的10个国家捐赠了测序仪,这样一来,当地的卫生部门就能开展测序,进一步了解从病例样本中提取的微生物,更好地了解疾病传播情况,识别风险较大的病原体。
同时,应当向全世界分享此类信息。如果说新冠疫情教会了我们什么,那就是任何地方爆发的传染性疾病都很可能很快蔓延至全球。因此,2020年4月,因美纳携手比尔及梅琳达·盖茨基金会,以及其他公共和私人团体开展合作,发起了一项全球病原体基因组学计划,旨在帮助尚不具备基因测序能力的国家和地区跟上脚步,掌握基因测序技术。南亚地区是第一个受益的区域。未来五年,因美纳将投入6000万美元用于提供设备,为欠发达地区的专业人员提供培训。如果某种新型病毒导致传染病暴发,这一网络就能率先敲响警钟,而从病毒基因组中获取的基因密码便能为迅速研发药物或疫苗奠定基础。
deSouza说:“我们为临床医生提供测序工具,这最终也会造福于患者。我们为世界上最优秀的研究人员提供工具,他们也会最终取得突破性进展。”
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