自建还是采购不能一概而论，如果实验室所需的LIMS功能简单且企业有足够的人力去开发、后期维护，自建也不失为一种选择。毕竟每家实验室都希望自己的LIMS系统能够符合其所在实验室的实际情况，而在市场上并不一定能够找到完全适合的现成产品。
但是自建LIMS会面临许多实际的问题，从而使得这种想法成为一种昂贵的冒险。一方面是耗时长。LIMS系统开发往往需要花费比预期更长的时间来完成，实验室最终用户必须进行所有的软件调试工作（这是非常耗时的）；另一方面对人员依赖性很大。自建的LIMS经常没有完整周全的文档资料，系统通常会依赖于某几个核心的个人，一旦他们发生工作变动，将直接影响LIMS的使用。
而选择LIMS厂商的主要优点在于：一方面，LIMS产品背后有许多富有经验的软件工程师和技术支持工程师，在实验室有需要时可以提供帮助；另一方面，LIMS厂商出于经济利益的驱使会不断进行技术创新来保持其产品的竞争力。多数成功的LIMS成功的原因正在于厂商能够坚持其产品核心的竞争能力，并且能够根据实验室的实际需求，实实在在解决实验室的信息管理难题，从而让实验室越用越得心应手。
无论是采用自建还是采购，多了解市场信息，多家对比，甚至可以选用一些免费的产品试用，都是降低风险，提升找到最适合自己实验室的LIMS的有效方法。
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