使用DS3000 Compact CE Sequencer的GC-rich序列的解析实例

使用了DS3000 Compact CE Sequencer的短DNA的读取精度的提高

简介：在Sanger测序中，时有在开始读取的区域中无法获得峰波形，或者出现读取错误的情况。这是由于填充在毛细管中的电泳介质 (聚合物) 有无法正确检测，分离短DNA的情况。此实验是使用DS3000 Compact CE Sequencer，提高了开始读取区域的数据质量1的示例。为了改善，使用了加尾引物。尾部是添加到测序引物5’末端的任意碱基序列。由于尾部可延长反应产物，因此可通过电泳分离。当添加40个碱基至尾部时，可从测序引物的3’末端下游第1个碱基的DNA开始无错误地读取。另一方面，显示出读取碱基的长度缩短了相当于尾部的长度。在添加尾部时，请参考本报告，事先确认必要的分析区间。

使用DS3000 Compact CE Sequencer新功能进行SNaPshot TM分析

简介：DS3000 Compact CE Sequencer(DS3000)已添加新功能。 使用新型DS3000，可以单 独设定用于分析的荧光染料和Size Standard Protocol，并可以使用更多种试剂盒。 为了验证新功能，使用旧型DS3000不支持的的荧光染料组合，实施SNaPshotTM (Thermo Fisher Scientific)。 SNaPshotTM是一种利用单碱基的延伸反应，同时鉴定与引物邻接的碱基的技术。 通过改变各反应产物的泳动速度，可以同时检测多个SNP。 在本次实验中，利用DS3000的新功能，可一次性检测了6个SNP。

DS3000 Compact CE Sequencer上GlobalFiler TM Express PCR Amplification Kit的性能

简介：GlobalFilerTM Express PCR Amplification Kit (Applied BiosystemsTM)是常用于DNA分析的试剂包之一，可通过单一/多重PCR扩增包括European Standard Set和CODIS (Combined DNA Index System) 推荐的基因座集的24个标记。本报告检测出从DS3000 Compact CE Sequencer上的GlobalFilerTM Express PCR Amplification Kit中获得的样 品的数据质量。通过分析灵敏度、精度、重复性，得出了DS3000 Compact CE Sequencer的性能满足使用GlobalFilerTM Express PCR Amplification Kit实现DNA分析的结论。

用DS3000 Compact CE Sequencer 检查下一代测序分析数据

简介：在下一代测序分析中检测出的基因组上的突变（以下简称NGS），由于分析的简便性，通过Sanger测序可以检测出来（参考文献（1）。在此，介绍用 DS3000 Compact CE Sequencer以下简称DS3000）、进行NGS变体分析的实例。最初，通过从人类结肠癌细胞株（HCT116）中提取的基因组DNA，对12个单碱基替换进行了分析。DS3000的碱基识别程序可以检测出所有单碱基替换。此外，通过用Mutation Surveyor ver. 5.1.2, SoftGenetics公司）分析在DS3000中获取的波形数据，可以检测出突变率的定量、碱基的插入或缺失。 本仪器是研究专用仪器，并未获得基于药事法的医疗仪器的认证。因此，此仪器不可用于诊断。