寡核苷酸通过固相亚磷酰胺的方法进行合成,合成达到所需长度的寡核苷酸链之后,需要通过氨解反应及纯化反应,将寡核苷酸链从CPG上切割下来并纯化至所需纯度,从而匹配不同应用场景,题目里所说的“量体裁衣”也指代为此。
01氨解反应
有机化合物与氨化剂(如氨)发生反应而生成胺类化合物的过程,称为氨解反应,产物为脂肪胺和芳香胺。
反应化学式为:R-Y+NH3→R-NH2+HY(R=烷基、芳基;Y=OH,Cl,SO3H,NO2)
在寡核苷酸合成中,常用新鲜的浓氨水来裂解CPG上连接化合物与初始核苷间的酯键。氨解的过程是寡核苷酸合成的一个重要环节,是影响寡核苷酸产物质量、产量与纯度的重要因素。
目前通常使用气相高压氨解装置——氨解仪,进行氨解反应。作用机理是通过加热氨解锅内的水,使水转换为水蒸气,再向氨解锅内通入氨气,直到一定的压力,利用氨蒸气达到氨解作用。
02纯化反应
寡核苷酸合成过程中会不可避免的引入杂质,包含失败的序列、残留的合成原料、盐类等杂质,这些杂质会影响后续的反应,因此要对寡核苷酸产物进行纯化。
· 脱盐纯化
脱盐纯化通过反向色谱柱对合成产物进行处理,可去除合成过程中的多余的盐。应用于无需进一步纯化的应用,如PCR扩增、DNA测序、全基因组合成等。
· OPC纯化
OPC纯化是基于反向色谱柱,利用DNA保护基团和OPC柱内树脂间的亲和作用,进行分离纯化。可以去除盐类杂质及失败的合成序列,纯化的纯度要高于脱盐纯化方式。
· PAGE纯化
根据合成产物长度和构象的不同,来区分合成的全长序列与失败序列,基于聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法进行分离纯化。应用于突变文库、克隆、PCR、筛选实验等研究方向。
· HPLC纯化
基于反向高效液相色谱的原理,对寡核苷酸产物进行纯化。该方法纯化后的产物纯度和灵敏度要高于前3种纯化方式,可有效去除大部分的N-短片段,纯度可达到99%。该方法主要用于商业化的诊断探针和引物、核酸药物研发等场景下的纯化。
以上4种纯化方式为基础的纯化反应,在实际应用中通常会根据自身需求选择或调整。例如纯化后产物纯度更高的UPLC纯化方式(超高效液相色谱法)。
03合成配套设备
擎科生物可提供氨解、纯化配套设备,助力寡核苷酸合成的高纯度及高效率。
· 氨解仪
氨解仪用于合成后的氨解工作,可同时对多块96孔合成板进行氨解反应。通过温控装置调节氨解锅的温度,使得氨解锅中充满氨气,并形成一定的压力,在高温下经过短时间(约2 h)可去除合成产物上的保护基团,得到不含保护基团的寡核苷酸单链。
· 纯化仪
用于对DNA合成引物进行自动化的脱保护及纯化。可以去除DMT、脱盐、氨解后的一些保护基团,适合需要对大量DNA产物进行脱保护及纯化的企业和研发机构。
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