荧光显微镜在各领域中的应用都非常广泛，正置荧光显微镜与倒置荧光显微镜的区别主要是从显微镜工作方式上来区分的。倒置荧光显微镜的物镜在所观察物体底下，正置荧光显微镜的物镜在所观察物体的上面。倒置荧光显微镜一般是观察在培养皿中培养的活体细胞，正置荧光显微镜一般是观察可以放到载波片上看的物体。
正置荧光显微镜的应用解决方案
正置荧光显微镜主要用于观察普通染色组织细胞及荧光标记物等应用领域，配备成像系统将图像和视频呈现在电脑显示器，是生物学，细胞学，遗传学，免疫学等研究工作的理想仪器。可供科研、高校、医疗、防疫和农牧等部门使用。
倒置荧光显微镜的应用解决方案
在植物细胞的观察研究中，通过染色可以更清晰地观测到细胞的形态及结构。倒置荧光显微镜特别适用于对活体细胞和组织、流质、沉淀物等进行显微研究，可对圆筒状烧瓶或高培养皿进行无沾染培养细胞观察。可检查和定位病毒、细菌、霉菌、原虫、寄生虫及动物和人的组织抗原与抗体，可用以探讨病因及发病机理，染色观察，结构分析，是生物学，细胞学，肿瘤学，遗传学，免疫学等研究工作的理想仪器。
近几年来，由于免疫荧光在医学研究、诊断领域里的广泛应用， FISH、绿色荧光蛋白（GFP）技术分别在基因组学、蛋白质组学研究方面的推广，显微拍摄、数字CCD成像技术的辅助驱动，赋予这一传统技术更新的应用价值和生命力。
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