内毒素在肠道由粘膜上皮吸收后，进入门脉血流，此时的“门脉内毒素血症”被认为是一种“正常”生理状态。这是因为肝脏单核巨噬细胞系统，主要是Kuffer细胞对内毒素有强大的清除能力，不至于造成循环内毒素血症。在肝脏，Kuffer细胞以胞饮的形式摄取内毒素，通过浓缩脂多糖分子的类脂含量和缩短О-抗原的长度而修饰内毒素，然后交给肝细胞进一步解毒。重度肝病时在肝实质细胞损害的同时也伴有Kuffer细胞的严重损害；肝硬化时，虽然Kuffer细胞的形态无显著改变，但其数目却明显减少，结果：大量内毒素在肝脏未经解毒溢入体循环。研究表明，肝硬化患者肝静脉内脂多糖水平（73±110pg/ml）显著高于外周静脉（31±58pg/ml，P<0.01），提示肝脏确实不能有效地清除门静脉内的内毒素。
自发性或手术后肝内外门体侧支循环是肠源性有毒物质进入体循环的重要途径，急慢性肝病时常伴有不同程度的门脉高压，病人可出现不同程度的门体分流，此时，来自肠道的内毒素绕过肝脏，未经灭活解毒，涌人体循环，形成内毒素血症。研究表明，外科门体分流术后病人外周血内毒素水平（82±150pg/ml）显著高于未行门体分流者（31±58pg/ml，P<0.001），肝硬化患者伴有静脉曲张者，血清抗脂多糖IgG抗体显著高于不伴静脉曲张者，而且该抗体与经直肠门脉分流指数呈现显著正相关性（r=0.431，P<0.001）。
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