核心多糖，又称核心区，位于脂质A 的外层，由2-酮基-3-脱氧辛酸（2-keto-3-deoxyoctonate，KDO），庚糖、磷酸乙醇胺及己糖（葡萄糖、半乳糖等）所组成，其外端以糖苷键与O抗原链相接（图1-4）。在一般革兰阴性杆菌脂多糖的核心多糖中，KDO和庚糖是其特定的成分。核心多糖近端的庚糖通过三个KDO与脂质A以共价键相连，该结合键易被弱酸所破坏。在LPS结构中核心多糖主要起着连接多糖与脂质A 的作用。核心多糖有属（genus）特异性，同一属细菌的核心多糖相同，相对О特异性抗原而言核心多糖的变异性极小，呈高度保守状态。
KDO和庚糖是一般革兰阴性杆菌的特定成分，但黄单胞杆菌（Xanthamonas）和铜绿假单胞菌（Pseudamonasaeruginosa）却缺少庚糖。厌氧的梭形杆菌（Fusobatericum）具有与沙门菌相似的化学成分，而厌氧的类杆菌，如黑色素类杆菌（Bacillu s m elan inog en icu s）和脆弱类杆菌（Bacillu s f rag ilis）则缺少KDO和庚糖。霍乱弧菌亦缺少KDO。
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