1997年由Janeway和Medzhitov提出病原体相关分子模式（pathogen-associatedmolecular pattern，PAMP）的概念，即将在吞噬细胞上与其同族结合的配体称为模式识别受体。PAMP为病原体高度保守的结构，不易变异，有利于宿主识别。
PAMP的特点为：①PAMP代表分子结构，该结构只由微生物中的病原体所产生，非宿主产生，如革兰阴性菌中的内毒素、革兰阳性菌的肽聚糖（peptidoglycan）和脂胞壁酸（lipoteichoic acid，LTA），以及支原体的甘露聚糖、甲酰化肽和细菌DNA中的CpG等。提高天然免疫系统中模式受体对PAMP的识别有助于天然免疫系统准确区别自我分子和病原体相关分子结构。
②PAMP代表病原体中保守的分子模式，该结构是微生物生存所必需的，如青霉素抑制肽聚糖合成后，细菌就无法生存。和肽聚糖的结构被选择下来一样，在天然免疫的进化中，作为识别的靶位，宿主的这种策略可防止“逃避突变”的产生。
③PAMP是为大多数微生物所共有的结构，所有细菌均含有肽聚糖和脂蛋白，LPS（脂多糖，lipopolysaccharide）和LTA的一般模式各自为所有革兰阴性（G-）菌和革兰阳性（G+）菌所共有，PAMP的特点是只准许非常有限的识别受体去识别多样化的微生物。
④PAMP代表着病原体种类的“分子签名（molecular sig-nature）”，如LPS代表G-菌，LTA代表G+菌，脂阿拉伯甘露聚糖代表分枝杆菌，甘露聚糖代表支原体。对这些PAMP的识别，不仅显示感染的存在，而且能够提供侵入的病原体的类型，有利于宿主采取更有效的效应机制去应付病原体。
具体的PAMP分子有革兰阴性菌中的内毒素、革兰阳性菌的肽聚糖（peptidoglycan）和脂胞壁酸、细菌DNA中的CpG岛以及支原体的甘露聚糖和甲酰化肽等。结核杆菌的脂阿拉伯甘露聚糖（lipoaramannan，LAM）、螺旋体的脂蛋白、支原体的甘露聚糖和脂蛋白以及自身病变或坏死组织和细胞所诱发的物质可以作为内源性配体，还有如热休克蛋白90和热休克蛋白60等。不同的配体模式识别方式缺乏病原体的特异性，针对病原体的共同保守结构，更有利于宿主发挥免疫效应，刺激特异性免疫应答。
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