现代生化技术提供了许多合成蛋白质的方法，其中有人蛋白质（如生长激素和干扰素）表达的模拟生物技术、哺乳动物细胞的培养技术以及酵母菌和真菌蛋白质在转录后加以修饰改变而成单克隆抗体等。随着越来越多地采用这些生物技术工程来合成药用性蛋白质，内毒素的污染也成为一个必须关注的重要问题。
生物技术应用过程中造成的内毒素污染量很大，污染的程度取决于产品的来源。在细胞培养上清液中通常含内毒素100~1000000EU/ml不等。理想的细胞培养上清液中不应有内毒素存在，因为整个操作过程中使用的试剂都是无内毒素的介质和缓冲液。但是，完全没有内毒素的环境很难实现，水的质量是一个根本的问题。一方面，不含内毒素的水用作注射用水价格昂贵，如果大量使用很不经济；另一方面，在产品保存过程中常会有数量可观的内毒素进来，如果产物的来源是人的血液，则由于献血者以前曾受过感染或急性感染的存在而使得内毒素的污染成为一个严重的问题。
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