Lipid A是一种糖磷脂，它与一般磷脂分子在结构上有所差别：①一般的磷脂仅连结两个脂肪酸并且不具有双糖结构，而Lipid A在D氨基葡萄糖双糖骨架上连结多个脂肪酰残基；② Lipid A含饱和或3-羟基脂肪酸，后者中的羟基可被饱和脂肪酸进一步酰化形成3-脂酰基脂肪酸，这是Lipid A的特有成分；③Lipid A分子上的磷酸基团可携带大量的负电荷，使LPS可与阳离子发生强烈的相互作用，因而阳离子对LPS的物理特性和生物学功能发挥显著的影响。
当用小牛血清白蛋白作为助溶剂时；白蛋白与Lipid A形成的Lipid A白蛋白复合物可完全溶于水，此复合物在真空干燥后仍可溶于水，这种溶解方法多年来被广泛地用于Lipid A生物活性的研究。
Lipid A三乙胺或四乙胺盐的溶解度较高，一般可达10～50mg/ml，真空干燥不影响其溶解度。Lipid A 三乙胺盐的溶解度还取决于制备Lipid A时所用的水解方法。如果制备方法采用0.1mol/L HCl水解法，由于去除了Lipid A分子上酸敏感的1-磷酸，所形成的Lipid A即使经电透析转化成相应的三乙胺盐亦极难溶解，故磷酸基的存在对于Lipid A的溶解性是至关重要的。如果采用2mol/L HCl，由于HCl能与LPS中的阳离子快速且强烈地结合﹐在0℃的条件下作用几分钟后离心就可将Lipid A沉淀下来，用双蒸水多次洗涤，将上清液中的盐去除后得到酸性的LipidA，再用三乙胺中和滴定，得到水溶性较高的Lipid A 三乙胺盐。低浓度Lipid A钠盐具可溶性，但当浓度增加到1mg/ml时，Lipid A钠盐溶液的黏度就会显著增加。Lipid A的钙、镁、腐胺盐几乎完全不溶于水。由于LPS在强酸的条件下容易裂解成多糖和Lipid A，故强酸法不适合于LPS的去离子过程。
Lipid A是一种两性分子，但双糖骨架的亲水性与脂肪酸的疏水性相比明显较弱。因此，Lipid A与亲水性的О-抗原及核心多糖分离后﹐游离的Lipid A水溶性降低，但可部分溶解于吡啶、三乙胺、二甲基亚矾等溶剂中。在溶解状态时，游离的Lipid A具有完整内毒素的大部分毒性作用。
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