LPS（lipopolysaccharide，脂多糖）中性溶液在室温放置数月，其生物学活性不发生明显的改变，在4℃或低温冰箱中，其生物学活性可保持数年至数十年。冷冻干燥的LPS中性粉剂，在室温或冰箱条件下可放置几十年或更长时间而不失去其生物学活性。
细菌LPS具有很强的耐热性，一般的高压灭菌不能使其灭活，115℃ 30 min的湿热仅能破坏25%左右的内毒素活性。内毒素在50%相对湿度下可被环氧乙烷去除活性。当LPS的水溶液在不同温度下处理时，发现在200℃ 1h仍能检测出内毒素活性，而进一步加热到250℃ 30～45min，或180℃ 3~4h则活性完全消失。我国2000年版药典内毒素检查法规定，玻璃器皿的热原处理为250℃干烤1h以上。
室温条件下LPS在酸性溶液中可发生部分降解，这主要由核心多糖与Lipid A间糖苷键的裂解引起，在加热的条件下这一反应可加速。在0.1N醋酸中，100℃， 45min可使LPS失去90%的生物活性。在加热条件下﹐强酸溶液可使LPS分子彻底破坏。50%的枸橼酸（pH 1.0）可水解 Lipid A 的磷酸基团或羟基脂肪酸等活性基团。碱性因素主要导致Lipid A骨架上连接的磷酸酯键及脂肪酸酯键水解，使Lipid A 结构受到破坏，从而导致LPS分子失去活性。故LPS宜在中性﹑低温的条件下保存。
长时间（48h）、大剂量的Co60照射后，LPS的结构可以被完全破坏。如有条件，对不能用干烤处理的实验器具，可用长时间，大剂量的辐照清除LPS。
过氧化氢是一种强氧化剂，具有防腐、灭菌、除臭及清洁等作用。它分解后能释放大量新生态氧，可氧化分解LPS。过氧化氢主要裂解LPS中Lipid A还原端C1位的磷酸基团。产生的单磷酸LPS，使其毒性下降，实验证明，单磷酸的Lipid A毒性明显弱于野生型的Lipid A，这与过氧化氢降解LPS后毒性下降结果相符。
用鲎试剂检测常用氧化消毒剂对大肠杆菌内毒素的灭活作用，结果显示，氯石灰溶液（含5000mg/L有效氯）在20℃作用30min、氯胺T溶液（含5000mg/L有效氯）在20℃作用70min可灭活95%以上的LPS活性。在60℃加热条件下，氯胺T灭活同量内毒素仅需40min，0.2%酸性高锰酸钾作用2min、1.0%中性高锰酸钾作用160min可灭活95%以上的LPS。
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