近日,在国内高等学府清华大学医学部的高性能计算系统项目招标中,中国国产服务器第一品牌曙光公司再传捷报,经过用户的测试比较,曙光解决方案在spider(扫描电镜后处理软件)上面运行的成绩明显优于竞争对手,届时曙光5000高性能计算系统平台将全面运用于清华大学医学部。
据了解,扫描电镜是生命科学研究中必不可少的仪器设备,获得重要科研进展的重要工具,这种实验设备往往科技含量,价格昂贵。扫描电镜系统则是通过用极细的电子束在样品表面扫描,获得原始数据(RAW DATA)然后通过软件进行提纯和分析,将产生的二次电子用特制的探测器收集,形成电信号运送到显像管,在荧光屏上显示物体,(细胞、组织)表面的立体构像,摄制成照片,获得人类认知范畴之内的信息。
随着社会经济的发展,人类越来越注重身体的健康,生命科学和医学被认为是当今世界科学技术领域最活跃、最有希望取得关键性突破的学科之一,医学部充分利用清华的师资和实验室条件,完成相关理工学科基础教学任务,建立起一套比较完整、先进的基础及临床医学的教学系统平台。
立足于清华大学医学部对计算的需求特点,曙光为清华大学选用了扫描电镜后处理软件spide,但是最重要的应用电镜后处理软件spider,占整个应用的70%以上 ,针对spider软件的计算量大,对内存容量和带宽要求高,曙光使用具有直连架构的AMD 六核处理器,将内存的容量扩展至32GB,从而有效消除前端总线的瓶颈,大幅提高内存的容量和内存访问带宽。
Spider软件的应用主要以openmp方式为主,普通刀片的计算能力和内存容量难以满足需求,在大部分的计算都能通过刀片集群满足用户需求的情况下,曙光配置了一台高性能的SMP胖节点,该计算节点的计算能力达到单台32核心,内存容量更是扩展到128GB。
管理软件方面,考虑到系统的易管理、易维护、易使用性,保证系统的高效运行,曙光大型管理监控软件Gridview,提供统一的集中式监控平台,具备可扩展性、集成性、可靠性和易用性,提供对各种商用、自己研发的管理工具的集成接口,从而满足同时对各不同厂家大型机的环境、硬件、软件等各方面进行监控的需求。中文的浏览器管理界面,高效的图形界面的作业调度系统,真正降低用户的使用难度,保证了系统的高效运转。
而在服务方面,曙光将在原有服务的基础上进行升级,承诺7*24小时,五年原厂工程师免费上门服务,在接到报修后,曙光的技术人员会在30分钟内进行电话反馈。如果确认需要现场服务,曙光工程师将在4小时内上门(或在途)。
此次清华大学医学部曙光5000高性能计算系统平台的建设不仅能有效的满足目前的计算需求,整个系统的架构还可以满足未来几年技术和应用发展的需要,能够达到保护用户投资的目的。同时,该系统平台解决方案的完整性和先进性等优势必将为清华大学医学部研究水平的提升起到关键性的作用,并将为清华大学走向世界的奋进目标迈出了重要一步
来源于:eNet硅谷动力
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